ფილმში მოქმედება ჩვენი წელთაღრიცხვიდან 26-ე საუკუნეში ვითარდება. გლობალური ომის შემდეგ მსოფლიო ორ ნაწილად დაიყო – ზეციური ქალაქი, სადაც რჩეულები ცხოვრობენ, და ქვედა ნაგავსაყრელი-ქალაქი. ერთხელ დოქტორი იდო ნაგავში პოულობს გოგონა-კიბორგის ნარჩენებს, არემონტებს მას და არქმევს ალიტას. ირკვევა, რომ ალიტა შესანიშნავად ფლობს საბრძოლო კიბორგის ილეთებს, მაგრამ მისი წარსულიდან მას საერთოდ არაფერი არ ახსოვს. ალიტას მოუწევს გაარკვისო ვინ არის იგი და როგორი იყო მისი დანიშნულება...